Oppsummering

Finn ut hvordan FoundationOne kan påvise endringer i 315 kreftrelaterte gener og 28 utvalgte introner. (1)
Biomarkørpåvisning

FoundationOne påviser biomarkører forbundet med potensielt effektive behandlinger

FoundationOne kan bidra til å maksimere antall behandlingsalternativer ved å påvise genendringer i 315 gener og 28 utvalgte introner som er kjent for å være forbundet med kreft, på tvers av 4 typer genfeil. (1) I tillegg kan FoundationOne påvise mikrosatelitt-instabilitet (MSI) og tumor mutasjonsbyrde (TMB) som i økende grad er forbundet med prediksjon av respons på immunterapi. (2,3)

 

FoundationOne kan påvise 4 klasser genendringer pluss biomarkører forbundet med respons på immunterapi

FoundationOne kan påvise 4 klasser genendringer pluss biomarkører forbundet med respons på immunterapi
Hvilke gener testes ved hjelp av FoundationOne?Hvilke gener testes ved hjelp av FoundationOne?
Gener som testes av FoundationOne

Hvilke gener testes ved hjelp av FoundationOne?

Gener som testes av FoundationOne
Current Gene List
  • A-B
  • C-D
  • E-F
  • G-J
  • N-P
  • K-M
  • Q-S
  • T-Z
Select Rearrangements
  • A-C
  • D-F
  • G-I
  • J-L
  • M-O
  • P-R
  • S-U
  • V-Z
Stor nøyaktighet

FoundationOne er ledende innen klinisk genomprofilering og kan påvise genendringer mer nøyaktig enn andre testmetoder (5-8)

FoundationOne har høyt deteksjonsnivå og stor nøyaktighet på grunn av bruk av hybrid capture-array og next-generation sequencing (NGS) til å sekvensere hele kodende område i kreftrelaterte gener. Det gir høy enhetlig dekning på tvers av alle sekvenserte gener, noe som sikrer at både vanlige og sjeldne endringer identifiseres. Det er også vist økt sensitivitet sammenlignet med andre teknikker som flourescence in situ hybridisering (FISH) og immunhistokjemi (IHC). (5-8) En slik teknikk gjør det mulig å identifisere både vanlige og sjeldne mutasjoner. (4) Tjenesten gir raske svar slik at onkologen kan håndtere funnene raskt. FoundationOne genomprofilering er også understøttet av en gendatabase. Dette gjør at Foundation Medicine kan utgi utfyllende rapporter av høyeste kvalitet. Samtidig har Foundation Medicine tilgjengelig eksperter dersom det er behov for assistanse etter at rapporten er mottatt.
FoundationOne kan gi pasientene mer presis diagnose og flere behandlingsalternativer ved å påvise klinisk relevante genendringer som ellers kan bli oversett med andre standardteknikker
Tradisjonelle standardteknikker som immunhistokjemi spiller fortsatt en viktig rolle i diagnostisering av mange krefttyper, som for eksempel når det er behov for en enkelt biomarkørtest for å identifisere tilstedeværelse av eller fravær av spesifikke endringer forbundet med om en godkjent behandling har vært vellykket. Omfattende genprofilering gjør det mulig å oppdage flere biomarkører og endringer umiddelbart, uten behov for å forutbestemme målene. Slike tester er spesielt verdifulle når det er usikkert hva en skal teste for.
FoundationOne kan identifisere endringer i en rekke forskjellige krefttyper (4)

FoundationOne tilbyr omfattende genomprofilering, slik at det ikke er nødvendig å forhåndsspesifisere en genetisk endring av interesse. Det har vist seg at de fleste potensielle klinisk relevante endringer kan bli oversett ved bruk av tradisjonelle profileringsmetoder der en ser etter forhåndsdefinerte endringer, basert på onkologens forventinger. (6-11) I en studie av cirka 7 300 solide tumorprøver fra 27 vevstyper ble det undersøk mulige fordeler ved målrettet behandling for det kjente onkogenet ERBB2-endringer (også kjent som HER2), som er vanlige i bryst-, magesekk- og spiserørskreft. I studien utgjorde ERBB2-amplifikasjonsendringer som ble påvist i disse 3 vevstypene kun 30 % av alle ERBB2-endringene som ble funnet i de 27 forskjellige vevstypene. (7)

Gjennomføring av omfattende hybrid capture-array og next-generation sequencing (NGS) førte til påvisning av basesubstitusjon, omgrupperinger, insersjon/delesjon og amplifikasjonsendringer med høy sensitivitet i hele spekteret av krefttyper som ble testet. Funnene viser at omfattende genomprofileringsteknikker kan identifisere opptil 3,5 ganger så mange pasienter som kan ha fordel av ERBB2-målrettede behandlinger, sammenlignet med gjeldende kliniske standarder (7)

Pasienter der klinisk relevante endringer kan påvises ved hjelp av omfattende genomprofilering (7)
Pasienter der klinisk relevante endringer kan påvises ved hjelp av omfattende genomprofilering
Pasienter der klinisk relevante endringer kan påvises ved hjelp av omfattende genomprofilering
swipe
FoundationOne tilbyr omfattende genomprofilering som kan identifisere flere endringer enn NGS hot-spot-analyse (4,17,18)
NGS hot-spot-analyse (amplikon-basert) velger kun ut genområder eller klynge av gener som man vet er forbundet med begynnende kreft. Selv om denne teknikken dekker mer enn fluoriserende in situ hybridisering (FISH) eller RT-PCR-teknikker (revers transkripsjonspolymerase-kjedereaksjon), gir teknikken en begrenset analyse fordi den bare tester enkelte regioner. Det anslås at uten supplerende  FISH-undersøkelser kan et hot-spot-genpanel overse inntil 50 % av klinisk relevante endringer som anbefales for molekylær profilering i retningslinjene fra NCCN. (17) Dessuten identifiserer denne typen analyser vanligvis basesubstitusjoner med høy sensitivitet, men den kan bare oppdage små insersjoner og delesjoner med lav sensitivitet, sammenlignet med en omfattende genprofilering. (18) Mange endringer kan derfor bli oversett ved NGS hot-spot-testing, sammenlignet med FoundationOne, som tilbyr omfattende genomprofilanalyse av > 99 % av genenes kodede områder. (4)
Hot-spot-testing identifiserer ikke like mange endringer som omfattende genomprofilering
Hot-spot-testing identifiserer ikke like mange endringer som omfattende genomprofilering
swipe

__

Flere studier har vist at FoundationOne tilbyr langt bedre deteksjon enn NGS hotspot-analyse:

PASIENTER MED IKKE-SMÅCELLET LUNGEKREFT (NSCLC)
17 % (12/71) av pasienter som testet positiv for en EGFR-delesjon i ekson 19 hadde tidligere testet negativt med NGS hotspot-analyse. (5)
TILFELLER AV NSCLC
Uten en supplerende FISH-undersøkelse kan hot-spot-analyser overse inntil 50 % av de endringene som retningslinjene fra NCCN anbefaler bør testes med molekylær profilering. (17)
TILFELLER AV KOLOREKTAL KREFT
88 % av prediktive KRAS endringer utenfor kodon 12/13 hotspot region ble oversett med tidligere hotspot-analyser. (19)
Referanser
  1. FoundationOne technical information.
  2. Chalmers ZR et al. Genome Med 2017; 9:34.
  3. Castro MP et al. J. Immunother 2015; 3:58.
  4. Frampton, GM et al. Nat Biotechnol 2013; 31:1023–1031
  5. Schrock AB et al. Clin Cancer Res 2016; 13:3281–3285.
  6. Ali SM et al. Oncologist 2016; 6:762–670.
  7. Chmielecki J et al. The Oncologist 2015; 20:7–12.
  8. Rozenblum AB et al. J Thorac Oncol 2017; 2:258–268 (and supplementary material).
  9. Chen AY-Y and Chen A. J Invest Dermatol 2013; 133:e8.
  10. Bridge JA. J Orthop Sci 2008; 13:273–282.
  11. Angulo B et al. PLoS One 2012; 8:e43842.
  12. Bishop R. Bioscience Horizons 2010; 1:85–95.
  13. Hu L et al. Biomark Res 2014; 2:3.
  14. Lin F and Prichard J (eds). Handbook of Practical Immunohistochemistry 2015. Frequently Asked Questions, 2nd edition. Springer Science+Business Media 2015.
  15. Pekar-Zlotin M et al. The Oncologist 2015; 20:316–322.
  16. Leong T Y-M et al. Adv Anat Pathol 2010; 17:404–418.
  17. Suh JH et al. The Oncologist 2016; 21:684–691.
  18. Drilon A et al. Clin Cancer Res 2015; 21:3631–3639.
  19. Rankin A et al. The Oncologist 2016; 11:1306–1314.